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Fossi in te comincerei con leggermi documenti riguardante la programmazione Win32 in C. Guarda qui... aleax.it/TutWin32/… e poi anche qui softzone.it/tutorials/… . Forse con l'Api FindWindow inizialmente puoi riuscire a trovare quelle finestre che ti si creano. Adesso non so dirti precisamente. E' una cosa su cui bisogna ragionarci un'attimino seriamente.

Un'altro documento famoso sulla programmazione Win32 (ma in inglese) è quello di petzold (charlespetzold.com/pw5/). Se lo vuoi dico solo questo... eM.ule.

Ma la FindWindow restituisce l'handle alla finestra della quale io conosco il nome. Se un sito si chiama prova.it non è detto che il nome della corrispondente finistra del browser sarà prova.it ma può anche essere 'BENVENUTO NEL MIO SITO'.
Stavo provando ad usare la EnumWindows e la EnumDesktopWindows che dovrebbero ritornare attraverso una callback function gli Handle alle finestre aperte sul desktop, solo che alla fine mi ritrovo con più di un centinaio di HWND non solo a quelle 4 finestrelle che tengo aperte ma anche e non so perchè alle applicazione e cosa ancora più strana ad alcuni controlli di esse(ad esempio il Compile/Run del compilatore). Qualcuna sa il perchè? e in alternativa cosa potri fare per ottenere solo gli handle alle finestre effettivamente aperte sul desktop?