C/C++ - far ritornare un array ad una funzione

No no, la funzione skolemizzazione mi lavora per bene, perchè tanto mi stampa le cose come voglio, mi funziona bene.
La dichiarazione dell'header non dovrebbe andare bene così come ho scritto ?

void skolemizzazione (char fnp[], int i);

se devo cambiarla consigliatemi pure.

Se invece per header intendi l'altro file, quello con solo le funzioni, non è quello il problema, perchè non l'ho creato proprio, ho fatto tutto in un unico file

sarebbe bene se postassi anche il codice delle funzioni che richiami(skolemizzazione e acquisisci_fnp).
fare:

fnp = skolemizzazione(fnp, i); 

ti da errore perché probabilmente lasci skolemizzazione come una funzione che ritorna void, anziché modificarla e definirla come

char* skolemizzazione(char fnp[], int i);

e poi farle ritornare il puntatore all'array, comunque, come ha detto "nessuno" non ti serve fare questa cosa.
Puoi invece spiegarmi perché ad ogni funzione che richiami passi come parametro i, che ogni volta che lo passi è come se passassi 0?

Molto probabilmente il parametro i della funzione acquisisci_fnp dovrebbe essere in output in quanto è un valore restituito da tale funzione. In questo caso dovresti passarlo per puntatore.

Ma se non fai vedere le due funzioni in questione non è possibile darti una risposta corretta ...