PHP - Utilizzare due .htaccess differenti per due cartelle diverse

Ciao a tutti.
Ho il seguente problema: utilizzo l'.htaccess per includere in ogni file php uno script di base. Utilizzo questo codice:

DirectoryIndex index.html index.php
<IfModule mod_php5.c>
  php_value auto_prepend_file "G:/Programmi/wamp/www/AFService/PHP/autoload.php"
</IfModule>

Il chè funziona egregiamente in tutte le sottocartelle del dominio.
Ora però vorrei che nella cartella admin e in tutte le sue sottocartelle, oltre ad aggiungere il file autoload.php mi aggiungesse anche un altro script: isAuth.php
A rigor di logica ho creato un altro file .htaccess mettendolo dentro la cartella admin con questo codice:

DirectoryIndex index.html index.php
<IfModule mod_php5.c>
  php_value auto_prepend_file "G:/Programmi/wamp/www/AFService/PHP/autoload.php"
  php_value auto_prepend_file "G:/Programmi/wamp/www/AFService/PHP/isAuth.php"
</IfModule>

Morale della favola: nella cartella admin non solo non mi carica isAuth.php ma neanche l' autoload.php, come se non esistesse neanche il file .htaccess nella cartella "root".

A cosa è dovuto? Come posso risolvere?
Spero in una vostra mano, perchè sono veramente bloccato su questo punto.

Grazie in anticipo

da quello che sapevo io apache carica per ogni cartella se c'è il file htaccess e quello funziona solo sulle sue cartelle e sottocartelle.
Il percorso non può essere a dare problemi visto che è assoluto.
Se non ti và con gli htaccess non fai prima a togliere quello in admin e fare una modifica in autoload che verifica qual'è la cartella e in caso include il file in questione?