Python - Output di un programma

Vi spiego il mio problema. Ho un file eseguibile prova.exe che prende come input un file e come output ha un file (quindi non ha bisogna di nessun parametro per funzionare), però siccome è un'elaborazione lunga ogni tot tempo stampa a video un messaggio del tipo 1000 operazioni eseguite. Ora volevo realizzare un interfaccia grafica in python per settare i parametri del file di input. Quindi uno avvia il programma in python modifica i parametri e poi ci sarà un bottone che avvia il programma eseguibile. Ora io ho provato seguendo qualche istruzione trovata su internet a catturare l'output del programma ma non funziona, però se al posto del programma eseguibile ci metto un comando dos funziona (tipo dir)

import os
command = "dir"
fout = os.popen(command) 
line = fout.read() 
print line
raw_input () 

Edit: il codice funziona solo che stampa il risulato quando il programma è terminato, io vorrei che stampasse in tempo reale.

Dopo ogni print prova a fare un flush del buffer.

Ho risolto!

import os
command = "prova.exe"
fout = os.system(command) 
line = fout.read() 
print line
raw_input ()

Anche se non capisco bene perché funzioni...

(rimpiango un po' il C)