ti consiglio eclipse per applicazioni client come desktop/applet/class library
netbeans per applicazioni server e web.
se poi vuoi anche spendere soldi potresti acquistare MyEclipse: myeclipseide.com/ una versione di eclipse commerciale già configurata con ottimi plugin anche proprietari.
bisogna cmq tenere conto che oggi giorno buona parte degli IDE java sono estensioni di eclipse o cmq basati sulle sue API.
facendo una comparazione più approfondita eclipse ha un editor di codice più avanzato e intelligente, inoltre tutto passa per il codice direttamente (tipo il plugin per il desing), e ha però minori tool grafici e wizard rispetto netbeans, a meno che non ti vai tu a installare plugin e fare configurazioni varie; netbeans usa molto file di appoggio esterni al codice, questo migliora la funzionalità di alcuni tool di utilità ma la gestione del codice è decisamente molto più indietro.
la mia conclusione è che se ti riesci a configurare il tuo eclipse non ha paragoni, se poi compri una versione commerciale sei veramente al top serie (per dirne una delle più avanzate la IBM RAD for websphere app), se invece si rimane nelle soluzioni gratuite o con minor sbattimento di preparazione dell'ambiente, netbeans è più "pronto a partire" specialmente per la JEE, e nelle ultime versioni (dalla 6 diciamo) sta migliorando.
