Java - Problemi con il file compilato

Una volta che ho creato un programma in Java con Eclipse, e lo compilo, mi crea due file uno .Java e un'altro .class e me li mette in un file .RAR. COme faccio a far partire l'applicazione che ho creato?

Sicuramente non è un file *.rar bensì *.jar...
Puoi avviarlo da consolle:

java -jar nome_programma.jar

oppure

java nome_classe_main

oppure, se il tuo OS lo supporta, con un doppio click.

per il doppio click basta associare il programma javaw.exe o java ai file .jar.

Attenzione però che i jar sono molto limitati come autoavvianti, ad esempio i programmi console non vanno e certe risorse (come immagini files ecc...) potrebbero non essere trovate se non caricare in un certo modo dal codice.

Quello che puoi fare durante i tuoi test è il bat o sh, e alla fine rilasciare un piccolo binario che faccia il controllo della presenza della JVM e avvii il tutto, senza che faccia tu questo binario a mano ci sono alcuni programmi che creano il wapper del jar, uno dei migliori è exe4j.